Фамилия Хуббатулин — один из тех случаев, когда русская по форме фамилия скрывает за собой арабское или тюркское имя. Её основа — мужское имя Хуббатулла, что в переводе с арабского означает «любимец Аллаха» (хубб — любовь, Аллах — Бог). Фамилия образована по стандартной русской модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин: Хуббатулла + ин = «сын Хуббатуллы». Если бы фамилия закрепилась в другой среде, могла бы выглядеть как Хуббатуллаев, но суффикс -ин указывает на то, что носители жили среди народов, где эта модель усвоена через русский язык.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану и Башкортостану, хотя встречается и у других тюркских народов Поволжья и Приуралья. В татарской среде имя Хуббатулла было распространённым, особенно в религиозных семьях, поскольку оно напрямую связано с исламским благочестием. Со временем, при переходе на русскую паспортную систему, отчество или уличное прозвище отца закрепилось как фамилия для целого рода.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна, но есть одна деталь: ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Хуббатули́н, хотя в исходном имени ударение на втором слоге — Хуббату́лла. Это типичный сдвиг ударения при русификации, когда суффикс -ин перетягивает на себя акцент.

В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются у русских и многих тюркских народов, суффикс -ин в фамилиях татарского происхождения не редкость, но всё же указывает на определённый ареал: например, у казанских татар фамилии на -ин встречаются заметно реже, чем на -ов. Поэтому Хуббатулин — скорее маркер того, что предки жили в зоне активного межэтнического контакта, где русская административная система накладывалась на местные имена. Никаких сложных этимологических споров эта фамилия не вызывает — корень ясен, а вариантов прочтения, кроме как от имени Хуббатулла, не существует.