Фамилия Хабатулин — редкий пример, в котором тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом, но не самым распространённым. Если бы фамилия звучала как Хабатов или Хабатуллин, вопросов бы не возникло. Но здесь мы видим суффикс -ин, который обычно присоединяют к основам на -а, -я (Петров — Петин, Кузьма — Кузьмин). В фамилии Хабатулин суффикс -ин стоит после тюркского компонента -ул(л)-, что нетипично. Вероятнее всего, перед нами не прямое образование от имени Хабатулла (араб. «красивый, любимый раб Аллаха»), а его русская адаптация: имя Хабатулла в бытовой речи могло сократиться до Хабатул, а затем оформиться суффиксом -ин по образцу фамилий вроде Гаврилин (от Гаврила). Другая гипотеза — что в основе лежит диалектное прозвище Хабатуля, но оно нигде не зафиксировано.

Корень фамилии восходит к арабскому слову «хабиб» (любимый) или «хабат» (ударять, бить), но в тюркских именах чаще работает первое значение. Имя Хабатулла было распространено у татар и башкир, особенно в дореволюционный период, когда религиозные имена с компонентом «улла» (раб Аллаха) давали мальчикам. Фамилия Хабатулин, скорее всего, возникла в среде волго-уральских татар или башкир, перешедших на русскую модель фамилий. Географически она тяготеет к Татарстану, Башкортостану и соседним областям — Оренбургской, Челябинской.

С точки зрения социальной истории, носитель фамилии Хабатулин, вероятно, происходил из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в записях о крещёных татарах (кряшенах), что указывает на возможную христианизацию рода. Интересно, что написание фамилии могло варьироваться: Хабатуллин (с двойным «л» и суффиксом -ов) — более массовый вариант, а Хабатулин — более редкий, возможно, результат упрощения при записи в русских документах. Единичность формы делает фамилию ценной для генеалогов: найти её в архивах проще, чем распространённые аналоги.