Фамилия Хабатулина — женская форма мужской фамилии Хабатулин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской модели такие фамилии образовывались от основ на -а, -я и буквально означали «чей?» — «сын Хабатулы». Это сразу выдаёт тюркское происхождение, причём не казанско-татарское, а скорее казахское или ногайское, где имя Хаббатулла (араб. «милость Аллаха») через диалектное смягчение «б» в «п» дало форму Хабатулла.

Основа фамилии — арабское мужское имя Хаббатулла, популярное у мусульман Поволжья и Средней Азии. В русских документах XVII–XIX веков, когда татар и башкир записывали в рекруты или переписывали, имя нередко искажалось: «Хабатулла» могло превратиться в «Хабатул» или «Хабатула», а от этой усечённой формы и образовалась фамилия с русским суффиксом -ин. То есть носитель фамилии — потомок человека, которого звали Хабатулла, но в быту или при записи имя сократили.

Региональная привязка фамилии — Оренбуржье, Башкортостан, западный Казахстан. Встречается она нечасто, и это не случайно: имя Хаббатулла менее распространено, чем, скажем, Абдулла или Габдулла, поэтому и фамилия осталась редкой. По сословной принадлежности предки Хабатулиных скорее всего были государственными или ясачными крестьянами (башкиры, татары, тептяри), реже — казаками Оренбургского казачьего войска, где тюркские имена тоже фиксировали.

Есть и альтернативная, но маловероятная версия: от тюркского слова «хабат» (хлопок) с суффиксом -улы/-улын, означающим «сын хлопкороба». Но арабское имя даёт более прямую и подтверждённую ономастическую модель, а «хлопковая» версия не объясняет мягкого «т» в середине фамилии. Так что основная версия — патроним от имени Хабатулла, адаптированный русской притяжательной формой.