Фамилия Хуббетдинов — яркий пример того, как русский суффикс -ов «прирастает» к арабскому имени, создавая фамилию, типичную для татарской и башкирской среды. В основе лежит мужское имя Хуббетдин (варианты: Хуббутдин, Губейдулла), которое восходит к арабским корням «хубб» (любовь) и «дин» (вера, религия). То есть Хуббетдин буквально означает «любовь веры» или «любящий веру». Это теофорное имя, распространённое среди мусульман Поволжья и Приуралья.

Модель образования проста: к имени Хуббетдин добавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюрко-татарских фамилиях выполняет ту же роль, что и в русских — указывает на принадлежность к роду, буквально «сын Хуббетдина». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Хуббетди́нов, хотя в бытовой речи возможны колебания.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -динов (например, Шарафутдинов, Валиуллин), форма Хуббетдинов встречается реже. Это может говорить о том, что исходное имя было менее популярным или бытовало в узком регионе — например, в некоторых районах Башкортостана или Татарстана. Встречается также вариант написания Хуббутдинов, что связано с особенностями произношения гласных в тюркских языках (так называемый сингармонизм).

Сословно фамилия не даёт точной привязки: Хуббетдиновыми могли быть и муллы, и крестьяне, и купцы. В метрических книгах XIX — начала XX века такие фамилии фиксировались у татар-мусульман, реже — у башкир. Судя по корню, носитель фамилии — потомок человека, которого назвали в честь религиозного чувства, что было обычной практикой в среде, где имя выбирали не случайно, а как напутствие или благословение.