Фамилия Хуббетов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. С высокой долей вероятности её корни — в тюркских языках, а точнее, в башкирском или татарском ономастиконе. Основа «Хуббет» восходит к арабскому имени Хуббат (Хуббат), которое через исламскую культуру попало в тюркскую среду. Значение имени — «любимая», «возлюбленная» (от арабского корня «хубб» — любовь). Имя было женским, но в тюркской традиции нередко давалось и мальчикам как оберег или в честь почитаемой родственницы.

Модель образования фамилии — классическая для русского языка, адаптировавшая иноязычную основу: к имени Хуббет добавили русский патронимический суффикс -ов. В результате получилась фамилия, которая буквально означает «потомок Хуббета». Это типичный случай, когда нерусское имя, попав в среду, где фамилии формировались по русской модели (особенно в XIX — начале XX века), получило стандартное окончание.

Сложность в том, что имя Хуббат (и его варианты Хубба, Хубби) встречается не повсеместно, а преимущественно в Башкортостане, Татарстане и у мишарей (западных татар). Поэтому Хуббетовы — почти наверняка выходцы из этих регионов. В метрических книгах и ревизских сказках конца XIX века подобные фамилии фиксируются именно там. Встречаются и однокоренные варианты: Хуббатов, Хуббиев, Хубаев — все они от того же корня, но с разными суффиксами.

Из-за редкости фамилии в общероссийском масштабе (по данным современных телефонных справочников, носителей — единицы или десятки) её носители, скорее всего, принадлежали к башкирскому или татарскому сословию тептярей или государственных крестьян. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Версия о связи с немецкой или еврейской фамилией Хуберт (Hubert) маловероятна: русская адаптация дала бы «Губертов» или «Хубертов», а не «Хуббетов».