Фамилия Худкова — женская форма фамилии Худков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Худко, Худок. В основе лежит прилагательное «худой» — в древнерусском языке оно имело более широкий смысл, чем сейчас. «Худым» называли не только тощего человека, но и слабого, бедного, незнатного, а иногда и злого, «худого» в смысле «плохой, дурной». То есть прозвище могло указывать на внешность, социальный статус или характер.

Модель образования простая: к основе Худк- добавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Худка). Суффикс -к- в основе — это уменьшительная или пренебрежительная форма, которая в русских именах и прозвищах была очень распространена (ср. Иван — Ивашко, Пётр — Петрушка, бедный — бедняк). Так Худко могло быть ласкательным или, наоборот, уничижительным вариантом прозвища Худой.

По географии фамилия Худков (и Худкова) чаще всего встречается в центральных и южных областях России, особенно в Курской, Белгородской, Воронежской областях. Это зона, где фамилии на -ов исторически преобладали. Встречается она и на Украине — в Сумской и Харьковской областях, что объясняется миграцией крестьян в XVIII–XIX веках.

Стоит отметить, что фамилия Худков не имеет отношения к слову «художник», как иногда думают. Это народная этимология. Художник происходит от древнерусского «худогъ» (искусный, умелый), а «худой» — совсем другой корень. Нет связи и с фамилией Худяков, хотя они однокоренные: Худяков образован от прилагательного «худяк» (бедняк, слабак), а Худков — от более короткой формы с суффиксом -к-.

Прозвище Худко могло быть дано человеку невысокого роста или худощавого телосложения, но не исключён и социальный оттенок: в документах XVI–XVII веков «худыми» часто называли крестьян, не имеющих тягла (налоговой обязанности), то есть самых бедных. Поэтому предки современных Худковых, скорее всего, были простыми людьми — крестьянами или посадскими, чьё прозвище закрепилось за родом.