Фамилия Худобердин образована от имени Худоберда, которое является фонетическим вариантом имени Худайбирде. Оно состоит из двух частей: «худай» и «бирде». Первая из них берет начало от нарицательного «худ», которое в переводе с персидского на русский означает «свой, близкий мальчик». Вторая часть имени Худайбирде восходит к древнетюркской основе «бирде» со значением «данный, подаренный (богом)». Таким образом, именование Худайбирде можно трактовать как «данный богом мальчик». Именем Худоберда могли назвать ребенка (мальчика), выпрошенного у Аллаха и родившегося после совершения специальных обрядовых действий. Таким образом, потомок человека, которого звали Худоберда, со временем получил фамилию Худобердины. Информация о представителях фамилии Худобердин содержится в различных источниках. Так, в документах упоминаются Абдулкадир Зульхарняевич Худобердин, родившийся в 1926 году в Шлемассе Инзенского района Ульяновской области, Зульхарней Биктимирович Худобердин, родившийся в 1870 году там же.