Фамилия Худоберди — редкий пример тюркского имени, которое превратилось в русскую фамилию почти без изменений. В ней не найти привычного славянского суффикса -ов или -ин, потому что её не «русифицировали»: носители фамилии, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами или представителями других тюркских народов, которые в XIX веке получили фамилию прямо по отцовскому имени.

Основа фамилии — личное имя Худоберди. Оно составное, из двух корней: «худа» (от персидского «хода» — бог, господь) и «берди» (тюркское «берди» — дал). В буквальном переводе — «Бог дал». Это типичное для тюркского мира имя-пожелание, которое давали долгожданному или позднему ребёнку, словно подчёркивая: он — дар свыше. Встречаются варианты Худаберди, Худайберди, Худобердыев — все они восходят к той же модели.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что не использует русский патронимический суффикс. В документах имперского периода такие фамилии могли записывать без изменений (Худоберди) или с добавлением -ев (Худобердиев), если чиновник настаивал на «привычном» окончании. Отсутствие суффикса — маркер того, что фамилия закрепилась в среде, где ещё сохранялась тюркская традиция именования по отцу без дополнительного оформления.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья, Приуралья и Западной Сибири — местам компактного проживания татар и башкир. Встречается она и у казахов, но там чаще пишется как Худайберди или Худайберген. В русских метрических книгах XIX века носители фамилии Худоберди могли числиться как «новокрещены» — то есть принявшие православие тюрки, которым давали фамилию по старому, дохристианскому имени отца.

Споров вокруг этимологии почти нет: обе части слова прозрачны. Единственная сложность — возможное смешение с русским корнем «худой». Но это случайное совпадение: в фамилии Худоберди ударение падает на последний слог, и первый слог звучит мягче, чем в прилагательном «худой». Если предки были крестьянами или ремесленниками, имя «Бог дал» не указывало на профессию, а только подчёркивало ценность ребёнка в семье.