Фамилия Худабердина — женская форма, а её мужской вариант Худабердин. Основа фамилии — составное тюркское имя Худаберди, где первая часть «худа» (или «хода») означает «бог», а «берди» — «дал». В сумме получается «бог дал» — типичное имя-пожелание, которое давали ребёнку, вымоленному у высших сил. Такие имена широко бытовали у татар, башкир, казахов и других тюркских народов, принявших ислам.

Словообразовательная модель проста: к основе Худаберди добавили русский патронимический суффикс -ин, который в тюркских фамилиях закрепился в ходе взаимодействия с русской административной системой. Форма Худабердина — это традиционный русский способ обозначить жену или дочь Худабердина. Встречаются варианты написания с одной «д» — Худаберина, но это, скорее всего, описка или влияние местного произношения.

Редкость фамилии — в её восточном корне и региональной привязке. По данным открытых источников, Худабердины чаще всего встречаются в Башкортостане и Татарстане, реже — в Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили в зоне активного контакта тюркских и славянских культур, где фамилии на -ин стали стандартом для крещёных татар и башкир, а также для мусульман, получивших фамилии по отцу при переписях.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Худабердина напрямую связана с личным именем. Нет оснований предполагать, что предок был ремесленником или имел особенную внешность — фамилия просто закрепила теофорное имя, которое когда-то дали ребёнку в благодарность за его рождение.