Фамилия Худоложкина — женская форма фамилии Худоложкин, и её разбор стоит начать с неочевидного корня, который многих вводит в заблуждение. Вопреки первому впечатлению, основа здесь не «худой» (тощий) и не «ложка». Слово «худой» в древнерусском языке имело также значение «плохой, дурной, бедный», а «ложка» тут ни при чём: на самом деле в основе лежит прозвище Худоложка, где вторая часть восходит к диалектному глаголу «ложить» (класть, помещать) или к существительному «ложе» (постель, место для сна). То есть Худоложка — это человек, который «худо лежит», то есть плохо, неудобно, беспокойно спит, или же тот, кто «худо ложит» — небрежно, неаккуратно что-то укладывает. В русских говорах встречались и другие прозвища с корнем «лож-», например, «Ложкарь» (мастер по ложкам), но здесь именно глагольная модель.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Худоложкин — «сын (или потомок) Худоложки». Такая модель образования фамилий характерна для северных и центральных регионов России, где активно использовался суффикс «-ин» (а не «-ов»). Встречается фамилия преимущественно в старых переписях Вологодской, Архангельской и Костромской губерний — там, где бытовали прозвища, описывающие бытовые привычки или особенности поведения. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: прозвище не боярское и не княжеское, а из народной среды, где метко подмечали манеру человека спать или работать.

В словарях русских фамилий Худоложкина не упоминается среди частых, что делает её редкой и локальной. В современной России она встречается единично, в основном на севере европейской части. Других версий происхождения, кроме как от прозвища с глагольной основой, нет — попытки связать её с «художником» или «ложкой» ошибочны и лингвистически несостоятельны, так как в этих словах иная морфология и ударение.