Фамилия Худоногих заставляет задуматься в первую очередь о суффиксе. Окончание -их (в родительном падеже множественного числа) — верный признак северорусского или сибирского происхождения. Такие фамилии, как Толстых, Черных, Босых, Худоногих, характерны для архангельских, вологодских, вятских земель и территорий за Уралом, куда переселенцы унесли эту модель. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые отвечали на вопрос «чей?», фамилии на -их отвечали на вопрос «из чьих?» или «каких?»: из семьи Худоногих, то есть из рода, где все были «с худыми ногами».

Основа фамилии прозрачна: прилагательное «худоногий» — то есть человек с худыми, тонкими, возможно, слабыми или больными ногами. В русских говорах «худой» часто означало не только «тощий», но и «плохой», «негодный», «дырявый». Так что прозвище Худоног мог получить человек, который хромал, быстро уставал при ходьбе или просто имел непропорционально тонкие ноги. Прозвища по внешним признакам — один из самых древних и распространённых пластов русских фамилий, и здесь мы видим именно такой случай.

Интересно, что фамилия Худоногих почти не встречается в центральных и южных областях России. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века её носители чаще всего фиксируются в Вятской губернии (современная Кировская область) и в Пермском крае. Встречаются и варианты написания: Худоногов, Худоногий. Но форма на -их закрепилась именно как фамилия, а не как краткое прилагательное, и не склоняется по падежам — это её грамматическая особенность.

О сословном происхождении носителей фамилии можно судить по географии: в северных и приуральских губерниях основную массу населения составляли государственные крестьяне и бывшие монастырские крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Скорее всего, предки современного носителя фамилии — крестьяне-землепашцы или охотники, которым дали прозвище по заметной особенности телосложения. Фамилия не редкая, но и не массовая: по данным современных телефонных справочников, чаще всего она встречается в Пермском крае, Кировской области и среди потомков сибирских старожилов.