Фамилия Худоногова — женская форма фамилии Худоногов, и её разбор стоит начать с модели образования. Это типичная русская фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени через притяжательное прилагательное: «чей?» — Худоногов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Худоног. Суффикс -ов указывает на патронимическое происхождение, что характерно для основной массы русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках.

Основа фамилии составная: «худой» и «нога». В древнерусском языке слово «худой» имело не только значение «тощий», но и «плохой, негодный, слабый». Соответственно, прозвище Худоног могли дать человеку с больными, слабыми ногами — хромому или тому, кто быстро уставал при ходьбе. Возможен и переносный смысл: «плохая опора», ненадёжный в делах, но первая версия — про физический недостаток — выглядит правдоподобнее, поскольку прозвища по внешним признакам были очень распространены на Руси.

Интересно, что фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает, что прозвище могли дать в среде крестьянского или посадского населения, где физическая выносливость была на виду. В дворянских родословных Худоноговы не значатся — фамилия явно простонародная.

С точки зрения словообразования, бросается в глаза редкая для русских фамилий модель с двумя корнями, где первый — прилагательное в краткой форме («худо-»). Обычно в таких сложениях первый корень — числительное (Пятиногов) или глагол (Вертихвостов), а прилагательное встречается реже. Это делает фамилию Худоногов заметной на фоне однокоренных: Худяков, Худин — там основа односложная. Если сравнивать с похожими по смыслу, например, Кривоногов (от «кривая нога»), то Худоногов — скорее про качество, а не про форму ног.

Встречается вариант написания с буквой «о» на конце в мужской форме — Худоногов, и без неё в женской. Ударение обычно падает на второй слог: Худо́ногова. Иных версий происхождения — от тюркских или финно-угорских корней — нет, фамилия чисто славянская по составу и логике образования.