Фамилия Худаногов звучит непривычно для русского уха, но её строение подсказывает, что перед нами — русская фамилия с тюркским корнем. В основе лежит слово «худан» (или «худай»), которое в тюркских языках означает «Бог», «Всевышний». Это же слово встречается в именах Худайберды («Бог дал»), Худайкул («раб Божий»), а также в фамилиях Худайбердиев, Худайназаров. Но в случае с Худаноговым в дело вмешался русский суффикс -ов, который присоединился к основе, вероятно, через тюркское прозвище или имя Худанак.

Разберём словообразовательную цепочку. В некоторых тюркских языках (например, в башкирском или татарском) существует уменьшительно-ласкательный аффикс -ак/-әк. Имя Худанак — это «маленький Худай» или «Боженька». Такие имена давали детям как оберег, чтобы умилостивить высшие силы. Русское окончание -ов превратило Худанака в Худанакова, а затем, под влиянием диалектного произношения или при переписи, «а» могло перейти в «о»: Худаногов. Впрочем, не исключён и другой путь: от прозвища Худанога, где вторая часть — «нога» (например, человек с больной ногой, носящий имя Худай). Такая версия менее вероятна, но возможна в среде смешанного населения.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в Поволжье и на Урале — в зоне контакта русских и тюркских народов. В метрических книгах XIX века Худаноговы фиксировались среди крестьян Казанской и Оренбургской губерний, а также среди оренбургских казаков. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были либо крещёными татарами (мишарями), либо русскими, жившими по соседству с тюрками и перенявшими их прозвища.

С точки зрения социального статуса, фамилия недворянская: отсутствие приставки и окончания на -ский выдаёт крестьянское или казачье происхождение. В отличие от громких фамилий на -ский, Худаногов — типичная «уличная» фамилия, закрепившаяся за конкретным родом. Сегодня она почти не встречается за пределами России, и её носители — в основном потомки тех самых поволжских крестьян, чьё прозвище когда-то означало «Боженька» или «Божий человечек».