Фамилия Хуилло — один из тех редких случаев, когда написание подсказывает происхождение вернее, чем звучание. Двойное «л» и финальное «-о» выдают нерусскую основу. Скорее всего, перед нами фамилия финского или прибалтийско-финского происхождения, адаптированная русской письменностью. В карельском, финском или ижорском языках слово «huilu» означает «свирель», «дудка» или «свисток». Прозвище Хуилу/Huilu могли дать музыканту, пастуху, игравшему на дудке, или человеку со свистящим, высоким голосом.

Суффиксальная модель здесь не русская. Фамилии на «-о» характерны для украинской и белорусской традиции, но в случае с Хуилло это, вероятно, фиксация иноязычной основы без дополнительного оформления патронимическими суффиксами -ов/-ев или -ин. В прибалтийско-финской среде прозвищные фамилии часто оставляли в исходной форме, и русские писцы записывали их на слух, добавляя двойное «л» для передачи долготы звука или просто под влиянием графики (ср. финские фамилии типа Huuhtanen, где двойные согласные обычны).

Географически фамилия должна тяготеть к северо-западу России: бывшая Санкт-Петербургская губерния, Карельский перешеек, территории, где жили ингерманландские финны, водь или ижора. Если искать однокоренные параллели, можно вспомнить фамилию Хуйло (с одним «л»), но она встречается реже и может быть самостоятельным вариантом от того же корня. В русском языке слово «хуило» (с одним «л») как грубое прозвище существует, но его семантика настолько разнится с музыкальным значением, что смешивать их не стоит: финская версия объясняет и двойное «л», и окончание «-о», и регион бытования.

Версия происхождения от украинского или польского «хуйло» (в значении «лентяй» или «негодяй») менее правдоподобна, потому что в этих языках слово обычно пишется с одним «л», а двойное «л» для них нехарактерно. Таким образом, фамилия Хуилло, скорее всего, сохранила память о предке-музыканте или пастухе из финно-угорской среды, чье прозвище-инструмент закрепилось в документах без изменений.