Фамилия Хустнудинова — редкий случай, когда в основе лежит не русское имя или прозвище, а арабо-персидское составное имя, адаптированное через тюркскую языковую среду. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать имя Хустнудин, от которого и образована фамилия с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ов (в женском роде -ова).

Первая часть имени, «Хуст», восходит к персидскому слову «хуш» (خوش) — «хороший», «приятный», «добрый». Вторая часть, «нуд» — это искажённое арабское «уддин» (الدين) — «вера», «религия». Таким образом, имя Хустнудин (или Хушнудин) означает «благой веры», «добрый в вере». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на религиозное качество. Встречается оно в основном у народов, традиционно исповедующих ислам и говорящих на тюркских языках: у татар, башкир, отчасти у народов Кавказа. Фамилия Хустнудинова, скорее всего, имеет татарское или башкирское происхождение.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия русифицирована: её «привели» к стандартной русской модели, добавив окончание, обозначающее «чей?» — то есть «принадлежащий Хустнудину». Это типичная практика для конца XIX — начала XX века, когда мусульманские имена записывали в метрических книгах по русскому образцу. Женская форма -ова не меняет смысла: это фамилия, передающаяся по мужской линии.

Географически носители фамилии Хустнудинова сосредоточены в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она редко, что подтверждает её происхождение от конкретного, не самого распространённого имени. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из татарских или башкирских деревень, а сама фамилия закрепилась за одним из потомков человека по имени Хустнудин. Никакой связи с ремеслом или прозвищем здесь нет — это чисто патронимическая фамилия, образованная от личного имени.