Фамилия Хусынова — женская форма, а её мужской вариант Хусынов образован по простой и прозрачной модели: к основе Хусын добавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Такие фамилии обычно означали «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». В данном случае основа — имя или прозвище Хусын.

Самое вероятное объяснение: Хусын — это вариант тюркского имени Хусаин (Хусейн). Имя арабского происхождения, означает «красивый», «хороший». В мусульманской среде оно широко распространено, особенно у татар, башкир, народов Кавказа. На русской почве имя часто адаптировалось: Хусаин могло звучать как Хусын, особенно в диалектах, где редуцировались гласные. Фамилия Хусынов, следовательно, могла возникнуть у тюркоязычных народов, принявших русскую модель фамилий — через суффикс -ов. Это типично для татарских, башкирских и некоторых кавказских фамилий, которые оформлялись в XIX–XX веках по русскому образцу.

Менее распространённая версия — связь с диалектным словом «хусынь» или «хусын», которое могло быть прозвищем. В некоторых говорах русского Севера и Урала «хусынить» означало «хныкать», «капризничать», а «хусыня» — плакса. Однако эта гипотеза слабее: прозвищная основа с таким звучанием встречается редко, а тюркское имя даёт более естественное и географически подтверждённое объяснение. В пользу первой версии говорит и распространённость фамилии: Хусыновы чаще встречаются в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области.

Фамилия не относится к древним дворянским родам — она, скорее всего, крестьянского или мещанского происхождения, сформировалась в среде, где в качестве основы брали личное имя отца. Ударение в фамилии Хусынова чаще всего падает на второй слог — Хусы́нова, хотя в некоторых семьях возможен вариант на первый слог, если в основе имени ударение было на «у».

Таким образом, носительница фамилии Хусынова, скорее всего, имеет предков, носивших тюркское имя Хусаин, которое в бытовой речи сократили до Хусын. Фамилия фиксирует принадлежность к этому роду через отчество, оформленное по русской модели.