Фамилия Хуткин образована по модели, характерной для русских фамилий центра и севера России: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ин. Если бы основа оканчивалась на -а или -я, мы бы получили Хуткин, а не Хутков, что указывает на мужское прозвище Хутка.

Самая вероятная основа — слово «хутка». В диалектах русского языка (особенно северо-западных и смоленских) «хутка» означало «быстро», «скоро», «проворно». Человека с таким прозвищем могли назвать Хуткой за торопливость, резвость или, наоборот, за неожиданную прыть. В белорусском и украинском языках «хуткий» — «быстрый, скорый», что только укрепляет эту версию: фамилия могла возникнуть на стыке русских и западнорусских земель, где диалектная лексика переплеталась.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от имени Хута, сокращённой формы крестильного имени Феофилакт (греч. «хранимый Богом») или Феодот. В народном произношении «Феофилакт» превращался в Хуфилакт, Хута. Но тогда логичнее была бы фамилия Хутин, а не Хуткин. Суффикс -к- в основе (Хутк-ин) указывает на то, что прозвище изначально звучало как Хутка — коротко и ёмко, как и положено бытовому имени.

Фамилия редкая. Встречается в основном в центральных областях России, а также у еврейского населения (как вариант фамилии Хуткинс или Хуткер), но в этом случае корень, скорее всего, восходит к идишскому «хут» — «шляпа» или к названию местечка. Однако для русского уха и русской модели словообразования первая версия — с «быстрым» прозвищем — выглядит наиболее органичной и древней.