Фамилия Хужин образована от мужского тюркского имени Хужа, которое в переводе на русский язык означает «хозяин, владелец, господин». Согласно другой гипотезе, фамилия Хужин ведет свое начало от прозвища Хужа, основой для которого послужило аналогичное башкирское слово со значением «господин, владелец». Вероятно, прозвище содержало указание на социальное положение основателя фамилии (богатый, наделенный властью человек).