Фамилия Кибенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко. На украинских, белорусских и южнорусских землях этот суффикс указывал на родство по отцу: Кибенко — это буквально «сын Киба» или «потомок Киба». В основе фамилии лежит личное прозвище Киб, и здесь есть несколько версий его происхождения.

По одной из них, прозвище Киб связано с глаголом «кибить» — «гнуть, клонить». В таком случае прозвище мог получить либо очень сильный мужчина, либо человек, занятый тяжёлым физическим трудом, где требовалось постоянно гнуть, сгибать что-то (например, кузнец или бондарь). Слово «кибить» сегодня почти вышло из живого употребления, но в диалектах и старых говорах оно фиксируется, что делает эту версию лингвистически обоснованной.

Другая версия выводит прозвище из украинского «кiбец» — хищная птица из семейства соколиных (пустельга или кобчик). В народной культуре эта птица ассоциировалась с отвагой, зоркостью и воинской доблестью. Известно, что в былинном эпосе именно в кобца (кiбца) оборачивался князь Вольга во время своих походов. Поэтому прозвище Киб могли дать смелому, надёжному воину или человеку, побывавшему в сражениях.

Сравнение с однокоренными фамилиями тоже даёт подсказку. В украинской ономастике встречаются фамилии Кибенко, Кибов, Кибец, Кибальник. Все они восходят к тем же корням: либо к глаголу «кибити», либо к названию птицы. Поскольку в украинском языке слово «кiбец» имеет прямое и широко известное значение, вторая версия выглядит чуть правдоподобнее: прозвище скорее всего было «птичьим» и относилось к внешним или поведенческим чертам человека.

Фамилия Кибенко распространена преимущественно на востоке Украины, в частности в Сумской и Полтавской областях, а также среди потомков переселенцев в Краснодарском крае и других регионах России. Это типичная фамилия украинского происхождения, указывающая на то, что предок носителя носил прозвище Киб, которое со временем закрепилось как родовое имя.