Фамилия Кибке — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не имеет славянского происхождения. Её основа и суффикс выдают в ней немецкие или, шире, западноевропейские корни, попавшие в русский обиход через миграцию или переселение.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -е, характерный для немецких фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий. В данном случае в основе лежит либо нижненемецкое слово «Kibbe» (диалектное название корзины или меры сыпучих тел), либо прозвище «Kibke», которое могло относиться к человеку с определённой манерой поведения. Вторая версия — происхождение от личного имени «Kibbe», сокращённой формы от «Jakob» (Якоб) в некоторых немецких говорах. Обе гипотезы правдоподобны, но первая — профессиональная — встречается чаще в ономастических справочниках по немецким фамилиям.

Географически фамилия Кибке может быть связана с северными землями Германии (Померания, Мекленбург), откуда в XVIII–XIX веках происходил массовый выезд немцев в Российскую империю. Носители фамилии оседали в Поволжье, на юге Украины и в Прибалтике, где сохраняли язык и быт. В русской среде фамилия не склонялась по падежам, что типично для фамилий на -е: «Иван Кибке», «у Петра Кибке».

По сословному составу предки Кибке скорее всего были ремесленниками или крестьянами-колонистами. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. В отличие от фамилий на -ов или -ин, Кибке не несёт отчества или указания на отца — она описывает самого первого носителя по его занятию или внешней примете.

Сегодня фамилия остаётся крайне редкой. Встречается в основном у потомков немецких переселенцев, а также в латышской и эстонской среде, где могла быть слегка адаптирована под местное произношение. В России носители Кибке сосредоточены в Омской области, Алтайском крае и Калининградской области — регионах, куда в разное время ссылали или переселяли этнических немцев.