Фамилия Киени — случай, когда география подсказывает ответ быстрее, чем разбор корня. Если отбросить экзотические версии, наиболее вероятное объяснение лежит на стыке украинской и польской традиций. В украинском языке есть слово «киеня» — уменьшительное от «кий» (палка, дубина). Так могли прозвать человека за рост («длинный, как палка»), за профессию (например, бондаря, работающего с деревянными клепками) или за манеру держаться. Суффикс -еня характерен для украинских прозвищ и фамилий (сравните: Котеня, Лисеня).

Фамилия не имеет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин), что указывает на её позднее закрепление или на западнорусское происхождение. В польском языке «kij» означает ту же палку, а «kijania» — дубина. Форма Киени могла возникнуть как полонизированный вариант украинской фамилии Киеня: окончание -и вместо -я — типичный след канцелярской записи в документах Российской империи, где фамилии на -я часто переделывали в -и (сравните: Коваленко — Коваленки).

Встречается фамилия в Черниговской и Киевской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных переписях носители Киени чаще всего значились мещанами или казаками — сословиями, где прозвища на -еня были обычным делом. Дворянской фамилией Киени не была: для этого ей не хватало суффикса -ский или -цкий.

Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского «киен» (трудный, тяжелый). В этом случае фамилия могла принадлежать выходцу из татарской среды, принявшему православие. Однако отсутствие фамилий-аналогов в татарских родословных делает эту гипотезу слабой. Искать корни стоит в украинском говоре и прозвищах, связанных с деревянным ремеслом или внешностью.