Фамилия Кикимора — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а имя мифологического существа. В славянской традиции кикимора — дух дома, болота или леса, обычно женского пола, который мог вредить или, наоборот, помогать по хозяйству. Прозвище Кикимора вряд ли давали всерьёз, скорее как шутливое или ироничное прозвище неопрятной, суетливой, взбалмошной женщине или мужчине с похожими чертами характера. В некоторых говорах слово могло означать «плакса» или «капризный ребёнок».

Словообразовательная модель проста: фамилия образована от прозвища без дополнительных суффиксов (так называемая «нулевая» суффиксация). Это типично для прозвищных фамилий, которые закрепились в документах без изменений. В русской ономастике такие фамилии, как Кикимора, Ворона, Шишка, относятся к древнейшему пласту — их могли давать в XV–XVII веках крестьянам и посадским людям в северных и центральных губерниях. Южные говоры чаще добавляли суффикс -енко, а западные — -ук, поэтому форма Кикимора без изменений характерна для Великороссии.

Этимология самого слова «кикимора» спорна. Наиболее убедительная версия связывает первую часть «кик-» с древнерусским «кика» (чуб, хохол, головной убор) или с общеславянским корнем kuk- (горбатый, согнутый). Вторая часть «-мора» восходит к общеславянскому mora (кошмар, дух, давящий во сне) — отсюда же русское «мара» и европейское «nightmare». Таким образом, кикимора буквально — «горбатый/хохлатый дух». Альтернативная версия (от финно-угорского) слабая и не подтверждается данными.

Фамилия Кикимора крайне редкая. В современных телефонных справочниках и базах ЗАГС она встречается единично, преимущественно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — то есть там, где сильна северорусская мифологическая традиция и где прозвища подобного типа сохранялись дольше. Сословно это почти наверняка крестьянская фамилия: дворяне и духовенство брали фамилии по названиям имений или церквей, а не по нечистой силе.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кикин, Кика, Моров, Морозов) показывает, что Кикимора стоит особняком. Она не перешла в более привычную форму на -ов или -ин, что говорит о её поздней фиксации или о том, что прозвище закрепилось в документах уже в том виде, в каком его слышали писцы.