Фамилия Кикоти — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем прямой разбор корня. Скорее всего, перед нами не столько прозвище, сколько фамилия, возникшая из топонима — названия населённого пункта. В Беларуси и на западе России существует несколько мест с похожими названиями: деревня Кикоти в Брянской области, а также хутора и урочища Кикоти в бывшей Витебской губернии. Житель такой местности получал прозвище «Кикоть», а его потомки уже писались как Кикоти. Модель образования здесь простая: основа на -о/-е, фамилия не склоняется по падежам в мужском роде, что характерно для украинских и белорусских фамилий на -и.

Если же отталкиваться от прозвища, то в основе лежит слово «кикоть» — архаичное название птицы, родственной кобчику или пустельге, из семейства соколиных. В некоторых говорах так называли мелкого хищника, крикливого и вертлявого. Прозвище могли дать человеку за сходство с этой птицей — за резкий голос, суетливость или, наоборот, за охотничью хватку. В пользу «птичьей» версии говорит и то, что фамилии от названий птиц в русской и украинской среде очень распространены (Соколов, Ястребов, Воробьёв), но «Кикоти» стоит особняком из-за редкости самого слова.

Суффикса -ов/-ев в фамилии нет, что сразу указывает на иной ареал. Фамилия Кикоти — это форма множественного числа, типичная для украинских и южнорусских фамилий (ср. Глухие, Кривые, Босые). Она отвечает на вопрос «чьи?»: «из рода Кикотей». Такая модель часто фиксировалась в документах как прозвище целой семьи или жителей одного двора. Встречается она и у запорожских казаков, где прозвища часто закреплялись за куренями.

Спорных версий немного, и все они слабые. Связывать фамилию с тюркским «кик» (крик) или с греческим «κυκώ» (мешать, возбуждать) — натяжка, потому что нет ни исторических, ни языковых доказательств бытования таких корней в славянской среде. Более правдоподобно, что «кикоть» — это диалектный вариант слова «кокот» (петушиный крик), но и здесь нет уверенности, так как «кокот» распространён шире, а «кикоть» — локальное явление.

Таким образом, носитель фамилии Кикоти с высокой вероятностью имеет корни в западнорусских или белорусских землях. Его предки либо жили в деревне с таким названием, либо получили прозвище по птице — не самой крупной и благородной, но заметной и звонкой.