Фамилия Кикоин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Скорее всего, фамилия Кикоин образована от аналогичного прозвища, которое происходит от названия реки Кика. Кика — приток Байкала, длиной в 82 км, берет начало с хребта Улан-Бургасы на высоте 1700 м. По долине реки расположено несколько более или менее крупных прибрежных озер: Малое Духовое, Большое Духовое, Дикое. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, это прозвище связано с глаголом «кикать» - «кричать, подражая птице», а в тверских и псковских говорах - «плакаться, горевать». В этом случае основатель рода Кикоиных мог иметь высокий, звонкий голос, либо был несчастным человеком. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Кикоин, со временем получил фамилию Кикоин. О точном месте и времени возникновения фамилии Кикоин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кикоин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.