Скорее всего, фамилия Кикоин образована от аналогичного прозвища, которое происходит от названия реки Кика. Кика — приток Байкала, длиной в 82 км, берет начало с хребта Улан-Бургасы на высоте 1700 м. По долине реки расположено несколько более или менее крупных прибрежных озер: Малое Духовое, Большое Духовое, Дикое. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, это прозвище связано с глаголом «кикать» - «кричать, подражая птице», а в тверских и псковских говорах - «плакаться, горевать». В этом случае основатель рода Кикоиных мог иметь высокий, звонкий голос, либо был несчастным человеком.