Фамилия Кикоин — одна из тех, что сразу приковывает внимание необычным звучанием. В её основе лежит не имя и не профессия, а географическое название, что встречается реже. Главная версия связывает фамилию с рекой Кика — притоком Байкала длиной 82 км, берущим начало на хребте Улан-Бургасы на высоте 1700 метров. По долине Кики разбросано несколько озёр — Малое Духовое, Большое Духовое, Дикое. Человек, живший в тех краях или переселившийся оттуда, мог получить прозвище Кикоин, то есть «с Кики». Формант -ин указывает на принадлежность: Кикоин буквально значит «сын или потомок Кикоя», а сам Кикой — это, скорее всего, человек, связанный с рекой Кика.

Существует и альтернативное объяснение, но оно менее убедительно. Согласно ему, прозвище Кикоин образовано от глагола «кикать» — в некоторых говорах (тверских, псковских) это значит «плакаться, горевать», а в более широком смысле — «кричать, подражая птице». Если принять эту версию, родоначальник Кикоиных мог обладать звонким, высоким голосом или, напротив, быть человеком несчастным, склонным к жалобам. Однако географическая привязка выглядит весомее: названия рек и озёр часто становились основой для прозвищ, особенно в Сибири, где топонимика богата и своеобразна.

Сама фамилия Кикоин — редкая. Она не входит в списки распространённых русских фамилий, не имеет массовой географии. Скорее всего, её носители — потомки выходцев из Забайкалья или прибайкальских районов. Модель образования (основа-топоним + суффикс -ин) типична для русских фамилий, но в сочетании с нестандартной основой даёт уникальный результат. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её обладатели, вероятно, происходят из одного или нескольких родственных родов, сохранивших память о месте, откуда пошла их линия.