Фамилия Киндзера — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она имеет украинские или польские корни, а не великорусские. Обращает на себя внимание окончание -ера, которое нетипично для исконно русских фамилий (где преобладают суффиксы -ов, -ин, -ский). Такое окончание часто встречается в фамилиях, образованных от польских или украинских прозвищ, либо в фамилиях, пришедших из языков, где есть суффикс -ер (например, из немецкого или идиша, но с местной адаптацией).

Самая вероятная версия связывает фамилию с украинским диалектным словом «кіндер» или «кіндра». В говорах западной Украины «кіндер» — это ребёнок, дитя (от немецкого Kind). Прозвище Киндер могли дать младшему в семье, позднему или очень маленькому ребёнку, либо, наоборот, человеку, который был похож на ребёнка поведением. Суффикс -ера в таком случае — это просто характерное окончание, которое закрепилось в фамилии при её оформлении (по аналогии с другими фамилиями на -ера: Пасека → Пасекера, Коваль → Ковалера). То есть исходная форма могла звучать как «Киндер», а «Киндзера» — это её полонизированный или украинизированный вариант.

Менее распространённая версия — связь с личным именем Киндрат (украинская форма от Кондрат, Кондратий). В этом случае Киндзера — это патроним, то есть «сын Киндрата», но с изменённым окончанием. Однако такая модель образования для украинских фамилий нехарактерна: обычно от имени Киндрат образуются фамилии Киндратенко, Киндратюк, Киндратович. Поэтому версия с прозвищем «кіндер» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Киндзера встречается в основном в западных областях Украины (Львовская, Тернопольская, Ивано-Франковская), а также среди потомков переселенцев в России и Беларуси. Это подтверждает её западноукраинское происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, и прозвище возникло в бытовой, неофициальной среде.

С точки зрения словообразования, фамилия нестандартна: в ней нет привычного русского суффикса принадлежности. Это делает её особенно ценной для тех, кто ищет не просто «обрусевшую» фамилию, а более точную региональную привязку. Киндзера — яркий пример того, как диалектное слово и местная языковая среда создают фамилию, которая с первого взгляда кажется чужой, но при разборе оказывается прозрачной и бытовой.