Фамилия Киндзюлис — редкий пример, когда географическое происхождение и языковая принадлежность почти не вызывают споров. Она явно литовская: окончание -ис (мужской род) или -ене/-уте (женский) выдают носителя литовского языка. В русской среде фамилию адаптировали, сохранив основу, но переделав окончание в более привычное для славянского уха -ис, хотя в оригинале она могла звучать как Kindziulis или Kindzius.

Корень фамилии — литовское слово kindzius. В диалектах оно означало «скупой», «скряга» или «жадный до денег человек». Слово не литературное, а разговорное, возможно, заимствованное из польского (ср. польск. skąpiec — скупец) или из восточнобалтийских говоров. Таким образом, Киндзюлис — это прозвище, которое дали человеку с характером, склонным к накопительству или чрезмерной бережливости.

Модель образования проста: основа kindzi- + суффикс -ulis, который в литовском языке придаёт слову уменьшительно-ласкательный или, реже, пренебрежительный оттенок. То есть Киндзюлис — это не просто «скряга», а скорее «скуповатый», «жмотоватый», что смягчало прямое прозвище. Такие фамилии часто закреплялись за крестьянами и мещанами в Литве, когда в XVIII–XIX веках шёл процесс массовой фиксации фамилий.

В отличие от многих славянских фамилий, которые заканчиваются на -ов или -ин, Киндзюлис не указывает на отчество или принадлежность к роду. Это прямое прозвище, ставшее фамилией. Встретить её можно преимущественно в Литве, а также среди литовской диаспоры в Латвии, Беларуси и на северо-западе России (Калининградская область, Псковщина). В России фамилия крайне редка и чаще всего принадлежит потомкам литовцев, переселившихся в советское время.

Стоит отметить, что существует и вариант написания Кинджулис — с буквой «ж» вместо «дз». Это следствие передачи литовского мягкого dz через русскую графику. В целом, этимология не меняется: основа та же, значение то же.