Фамилия Кинищук — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью суффикса -ук/-щук. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей-то потомок», «сын» или «ученик». В данном случае он присоединён к основе Киниш-, которая восходит к прозвищу Киниша.

Само прозвище Киниша — спорное по происхождению. Есть две основные версии. По первой, его связывают с украинским словом «кінний» — «конный». Так могли прозвать и владельца лошадей, и всадника. В украинской среде прозвища, образованные от названий работ или имущества, — обычное дело, поэтому эта гипотеза выглядит убедительно. По второй версии, в основе лежит турецкое слово «kiniş» — «шип». Эта версия менее вероятна для украинской антропонимии, но полностью исключать её нельзя: на юге Украины, где были сильны тюркские влияния, такие заимствования иногда встречаются.

Модель образования проста: прозвище Киниша → Кинищук (буквально «сын Киниши»). Суффикс -ук/-щук распространён в западных и центральных областях Украины, особенно на Волыни, Подолье и в Галичине. Поэтому носители фамилии Кинищук, скорее всего, имеют корни именно оттуда.

Фамилия недворянская, крестьянская или казацкая по происхождению. В реестрах запорожских казаков и метрических книгах XVIII–XIX веков такие фамилии на -ук встречаются часто: они фиксировали принадлежность к роду, а не к сословию. Со временем прозвище Киниша полностью вытеснило исходное имя и закрепилось в документах как наследственная фамилия.