Фамилия Кипалина — редкий случай, когда суффикс -ин сочетается с основой, не имеющей очевидного мужского варианта. В русской модели фамилий на -ин обычно образуются от основ на -а/-я (Пушкин — от Пушка), но здесь мы видим женскую форму: Кипалина. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в документах уже в женском роде, например, от прозвища или имени матери (матримониальная модель, характерная для некоторых регионов, где детей записывали по матери, особенно если она была вдовой или единственной кормилицей).

Сама основа «Кипал» почти наверняка восходит к тюркскому корню. Сравните с казахским «қыпал» — «смущение, стеснение», или с диалектным тюркским «кипа» — «маленький, короткий». Прозвище Кипал могли дать человеку невысокого роста, застенчивому или, наоборот, с намёком на хитрость (в переносном смысле «смутить»). В русских говорах слова с таким корнем не зафиксированы, так что тюркское влияние — основная версия.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Встречается она редко, но не единично: можно предположить, что носители Кипалиных — потомки крещёных татар или башкир, либо русских, перенявших тюркское прозвище у соседей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Кипалин», то есть сын или человек из рода Кипала.

Интересно, что фамилия могла писаться и через «ы» — Кыпалин, если исходное слово звучало с твёрдым «к» и «ы». В документах XIX века такие варианты нередко унифицировали под русское «и», что и дало современное Кипалина. Других версий — от имени Кипа (греческое «садовый» или сокращение от Киприан) — держаться не стоит: они не объясняют суффиксальной формы и не подтверждаются источниками.

Так что если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваш предок жил на востоке европейской России, был невысок или тих нравом, а его прозвище запомнили соседи — и так оно перешло в фамилию.