Фамилия Кипаева образована от мужского мордовского имени Кипай. В основе этого имени, скорее всего, лежит эрзянское слово «кепе» — «босой», либо глагол «кепетемс» — «подниматься». Такая двойная этимология не редкость для личных имён, где прозвище могло указывать либо на внешний признак (например, привычку ходить босиком), либо на характер или род занятий (тот, кто «поднимается», встаёт рано или занимается подъёмом тяжестей).

Фамилия построена по типичной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. Имя Кипай дало форму Кипаев — «сын Кипая». Такая модель была распространена в среде мордовских народов, которые входили в состав Русского государства и чьи имена адаптировались под русскую фамильную систему в XVII–XIX веках.

В Книге памяти Республики Мордовия сохранились записи о носителях этой фамилии: Михаил Иванович Кипаев родился в 1898 году, а Пётр Николаевич Кипаев 1906 года рождения работал полотёром. Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в мордовском регионе и принадлежала людям разного социального положения — от крестьян до городских рабочих.

С точки зрения географии, фамилия Кипаева остаётся локальной: основная масса её носителей сосредоточена в Поволжье, особенно в Мордовии и соседних областях. Встречаются и варианты с ударением на первый слог — Кѝпаев, что тоже указывает на мордовское происхождение, где ударение часто фиксировано.