Фамилия Кипаев образована от мужского мордовского имени Кипай, которое, вероятно, имеет ближайшую родственную этимологию с эрзянским прилагательным «кепе» - «босой» или глаголом «кепетемс» - «подниматься». Таким образом, человек, предка которого звали Кипай, со временем получил фамилию Кипаев. Так, в Книге памяти Республики Мордовия упоминается Михаил Иванович Кипаев, родившийся в 1898 году, а также полотер Петр Николаевич Кипаев 1906 года рождения.