Фамилия Кипарин — редкая и неочевидная. Её звучание наталкивает на мысль о кипарисе, но на самом деле связь с деревом маловероятна. Слово «кипарис» пришло в русский язык из греческого и никогда не использовалось как прозвище или основа для фамилии у крестьян — кипарисы не росли в средней полосе России, и в быту это слово было книжным. Так что версия о «кипарисовом» происхождении — красивая, но ложная.

Настоящая основа фамилии — прозвище Кипара, Кипарь или диалектное слово «кипарь». В южнорусских и украинских говорах «кипарь» означало «кипа, тюк, свёрток», а в переносном смысле — «толстяк», «неповоротливый человек». Прозвище могли дать грузчику, торговцу мануфактурой или просто полному, медлительному мужчине. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кипарин, то есть сын или потомок Кипари.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского имени или прозвища, где корень «кипар» связан со значением «гордый», «важный». Но эта гипотеза не подтверждается массовым бытованием фамилии в регионах с тюркским населением — Кипарины встречаются в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В документах XIX века Кипарины фигурируют как государственные крестьяне и однодворцы. Ударение в фамилии плавающее: в разных семьях говорят и Кипа́рин, и Кипари́н — второй вариант ближе к исходному прозвищу с ударением на последний слог.