Фамилия Кипарисов — редкий случай в русской ономастике, когда в основе лежит не имя, не прозвище и не профессия, а название дерева, которое в средней полосе России никогда не росло. Кипарис — южное вечнозелёное растение, символ скорби и вечности. Чтобы понять, откуда у русского человека взялась такая фамилия, нужно смотреть не на ботанику, а на историю церкви.

Самый вероятный источник — семинарская среда. В духовных училищах XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии по названиям растений, библейских камней, добродетелей или географических объектов. Кипарис в христианской символике — дерево, из которого, по преданию, был сделан крест Спасителя, а также знак праведности и стойкости веры. Семинарист мог получить фамилию Кипарисов при поступлении или окончании курса, и она закреплялась за его потомками. Так появлялись целые династии приходских священников с «растительными» фамилиями: Розов, Фиалков, Миндалёв, Кипарисов.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования притяжательных прилагательных: Кипарисов буквально означает «сын Кипариса» или «принадлежащий Кипарису». Но в данном случае «Кипарис» — не имя, а искусственная фамильная основа, придуманная в стенах академии. Встречается также вариант Кипарисовский — с суффиксом -ский, типичным для польской и западнорусской традиции, но в случае с духовенством он мог обозначать принадлежность к конкретному храму или монастырю, названному в честь Кипариса (например, в честь иконы или праздника).

Вторая, менее распространённая версия — происхождение от мирского прозвища Кипарис. В южных губерниях России, где кипарисы росли (Крым, Черноморское побережье, Астрахань), так могли прозвать человека за высокий рост, стройность, смуглую кожу или мрачноватый нрав. Однако эта версия слабее: прозвища от деревьев в крестьянской среде обычно давались по местным породам (Дуб, Берёза, Осина), а кипарис был экзотикой. Поэтому подавляющее большинство носителей фамилии Кипарисов — потомки духовного сословия.

Фамилия нечастотная, её можно встретить в центральных областях России, в Поволжье и на юге. Встречаются разные написания: Кипарисов, Кипарисовский, а также редкая форма с ударением на второй слог — Кипарисов (от греческого произношения «кипари́ссос»). В любом случае, за этой фамилией стоит не прозвище предка-садовода, а книжная, церковная культура, превратившая название южного дерева в фамильный знак русского священника.