Фамилия Кисетовы образована от прозвища Кисет, которое восходит к названию небольшого мешочка для табака. Слово «кисет» — древнетюркского происхождения, оно родственно основе «киса», то есть «кошелек». На Русь это слово попало вместе с табаком, и прозвище Кисет могли дать человеку по нескольким причинам.

Самая прямая версия — профессиональная. Кисетом называли торговца табаком или мастера, который шил такие мешочки. В XVII–XVIII веках, когда курение распространилось, кисет был ходовым товаром, и прозвище могло закрепиться за ремесленником или лавочником. Вторая версия — бытовая: так могли прозвать заядлого курильщика, который не расставался с кисетом. В русских говорах слово иногда имело и переносное значение — «мошна», «денежный мешок», так что не исключено, что прозвище относилось к человеку запасливому или скуповатому.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Кисет добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Кисета». Такая схема характерна для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ов доминировали с XVI века. В южных и западных землях та же основа могла бы дать фамилию Кисетенко или Кисетович.

Интересно, что фамилия Кисетов — редкая. В отличие от массовых «табачных» фамилий вроде Табаков или Табачников, она отсылает не к самому растению, а к конкретному предмету обихода. Это делает её более узкой и локальной: носители, скорее всего, происходят из одной местности, где прозвище было ходовым. Словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к группе «профессионально-бытовых» фамилий, которые возникали не в канцеляриях, а в живой речи.

Однозначно сказать, в каком именно веке и в каком уезде Кисетовы получили фамилию, без архивных записей нельзя. Но ясно, что её основа — не книжное, а устное, народное прозвище, которое закрепилось за родом.