Фамилия Кишинька — один из тех случаев, когда за коротким и звучным окончанием скрывается целый клубок возможных значений. В основе, скорее всего, лежит не самостоятельное имя, а усечённая уменьшительная форма от двух разных мужских имён: Акиша или Никиша.

Акиша — это народная, бытовая версия церковного имени Иоаким (в переводе с древнееврейского — «поставленный Богом»). Второй вариант, Никиша, происходит от имени Никита, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «победитель». В повседневной речи оба эти имени легко сокращались до простого «Киша», а ласкательный суффикс -ньк- превращал его в «Кишинька». Такая модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин (в форме Кишиньк-а) указывает на принадлежность — буквально «чей?» — «сын Кишиньки» или «человек из семьи Кишиньки».

Менее вероятна, но лингвистически интересна версия, уводящая нас на юг славянского мира. В болгарском и сербском языках существовало дохристианское имя Киша, которое переводится как «дождь». Если принять эту гипотезу, то имя могло быть обережным или обрядовым: так называли ребёнка, родившегося в сырую, дождливую погоду. Однако в русской ономастике эта версия считается второстепенной, так как фамилия Кишинька явно сложилась по русским словообразовательным законам, а не была заимствована из южнославянских языков в готовом виде.

Таким образом, потомок человека по имени Акиша или Никиша со временем получил фамилию Кишинька. Сама фамилия — редкая для современных справочников, что делает её особенно ценной для семейной истории: она не «стерлась» в массовых списках и сохранила прямую связь с конкретным прозвищем или уменьшительным именем предка.