Фамилия Кишинько звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Её выдает суффикс -енко (в данном случае в форме -нько), который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок». В XVI–XVII веках такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами на землях современной Центральной и Восточной Украины, постепенно вытесняя более древние прозвища.

Основа фамилии — Киш или Киша. Здесь возможны два объяснения, и оба правдоподобны. Первое: от украинского слова «киш» — так называли кишку, колбасу, а в переносном смысле — человека с большим животом или любителя поесть. Второе: от тюркского «киш» (зима) или «киши» (человек, мужчина). В южных степях, где украинцы долго соседствовали с тюркскими народами, такие заимствования в прозвищах — обычное дело. Сравните с фамилиями Киш, Кишенко, Кишко — все они из того же гнезда.

По модели образования Кишинько — это патроним: «Кишин сын» или «потомок Киши». Суффикс -нько встречается реже, чем стандартное -енко, и часто указывает на определённый говор или регион. Такая форма могла закрепиться на Полтавщине или Черниговщине, где смягчение согласных перед суффиксом было характерной чертой местных говоров.

Сословно носители фамилии Кишинько, скорее всего, были казаками или свободными крестьянами. В реестрах запорожского войска и переписях Гетманщины такие фамилии не редкость. Дворянский герб к этой фамилии не прилагается — её происхождение чисто народное, без аристократических корней.

Что касается географии, сегодня фамилия встречается в основном в Украине и на юге России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках. Встречаются варианты написания через «и» (Кишинько) и изредка через «ы» (Кышинько) — это следы местных диалектов или ошибок писцов.