Фамилия Кишлянова — женская форма от мужской фамилии Кишлянов, и её происхождение ведёт к прозвищу или имени, которое сейчас почти не встречается. Основа фамилии — «Кишлян» — скорее всего, образована от тюркского слова «кишлак» (зимовье, селение оседлых жителей в Средней Азии). В таком случае прозвище Кишляк давали человеку, который зимовал на одном месте, в отличие от кочевников, или выходцу из кишлака. Суффикс «-ян» в русских фамилиях встречается редко, но он характерен для фамилий, возникших в среде, где смешивались русские и тюркские языки, особенно на юге России, в Поволжье или на Северном Кавказе.

География фамилии подтверждает эту версию: носители фамилии Кишляновы исторически сконцентрированы в Ростовской области, Ставропольском крае, а также в Калмыкии. Это регионы, где русские переселенцы и казаки долго контактировали с тюркскими народами, и многие прозвища переходили в фамилии без изменений. Вариант «Кишлян» мог быть искажением тюркского имени «Кишлык» или «Кишляк», которое давали ребёнку, родившемуся зимой (от «кыш» — зима).

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от русского диалектного слова «кишля» (кислый, прокисший суп или похлёбка). В этом случае прозвище Кишля могли дать любителю такой еды или повару. Однако тюркская этимология убедительнее, потому что суффикс «-янов» в фамилиях южных регионов чаще указывает на тюркскую основу, чем на редкое русское диалектное слово.

Фамилия Кишлянова — редкая, её нет в списках дворянских родов, а значит, предки, скорее всего, были крестьянами или казаками. Суффикс «-ов» (в мужской форме) — стандартный русский патронимический, то есть фамилия закрепилась в XIX веке как «сын Кишляна». Поскольку фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, её носители, вероятно, происходят из одной семейной ветви, жившей компактно в казачьих станицах или сёлах на юге России.