Фамилия Кишля звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её корни, скорее всего, уходят на запад или юг. Самая вероятная версия — украинское или белорусское происхождение. В этих языках слово «кишля» означает «кишка», причём не в анатомическом, а в кулинарном смысле — колбаса, начинённая требухой или мясом. Прозвище Кишля могли дать либо колбаснику, мяснику, либо человеку с худым, «кишечным» телосложением. На Украине и в Белоруссии фамилии без суффиксов (так называемые «чистые» основы) встречаются часто, особенно в западных регионах, поэтому Кишля могла закрепиться именно в такой форме.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — тюркская. В тюркских языках есть слово «киш» или «кыш» — зима, а «кишля» могло означать «зимовье», место зимней стоянки. В этом случае фамилия могла указывать на род занятий: пастух, перегонявший скот на зимние пастбища, или человек, живший на таком зимовье. Однако для русского и украинского контекста эта версия слабее: ударение в тюркском слове чаще падает на первый слог, а фамилия обычно произносится с ударением на последний.

Суффикса в фамилии нет, что делает её редкой для русской антропонимической модели. Если бы предок переселился в центральную Россию, фамилия почти наверняка обросла бы суффиксом -ов или -ин, превратившись в Кишлёв или Кишлин. Сохранение формы Кишля указывает на то, что носители либо долго жили на юго-западе, либо фамилия была записана в документах «как слышалась», без адаптации под великорусские нормы.

Встречается фамилия в основном на Украине, в Белоруссии и приграничных областях России (Брянская, Курская). Носителей мало, и фамилия не относится к числу распространённых. Сословно предки могли быть крестьянами или мещанами, поскольку прозвища по ремеслу или внешности давали именно в этих средах. Дворянских родов с такой фамилией в исторических справочниках не зафиксировано.