Фамилия Кишлян — редкий пример, где в основе лежит не прозвище и не профессия, а географическое название или указание на место жительства. Скорее всего, её образовали от топонима Кишля — так называются сёла и реки в Молдове, Румынии и на юго-западе Украины. Название восходит к румынскому слову chișlă, которое, в свою очередь, заимствовано из тюркских языков: в турецком и гагаузском kışla означает «зимовье», «зимняя стоянка» или «казарма». В молдавском языке это слово закрепилось в значении «село», «хутор». Таким образом, человек по фамилии Кишлян — это тот, кто родом из села Кишля или из семьи, связанной с таким селением.

Суффикс -ян в этой фамилии — типичный для армянской патронимической модели, где он означает «из рода такого-то» или «из семьи такого-то». В сочетании с основой Кишл- он мог появиться двумя путями. Первый: армянская семья, жившая в молдавском или румынском селе Кишля, взяла фамилию по месту жительства, добавив родовой суффикс. Второй: фамилия могла возникнуть в среде армянских переселенцев на территории современной Молдовы и Украины, где такие топонимы были распространены. В любом случае, Кишлян — это не метафорическое прозвище и не «обрядовое имя», означающее благо или удачу, а конкретная привязка к месту.

В ономастике часто встречаются фамилии на -ян, образованные от названий сёл, городов и рек. Это указывает на то, что предки носителя фамилии были выходцами из определённой местности и сохранили эту привязку в родовом имени. В случае с Кишлян географический корень не затемнён, как в некоторых древних фамилиях, а прозрачен и легко читается. Если искать параллели, то это фамилии вроде Ширян (от села Шира), Ванадзян (от города Ванадзор) или, в русской традиции, Кишлёв, которая тоже встречается и образована от того же топонима, но с другим суффиксом.

Есть и менее вероятная версия: что основа Кишл- происходит от армянского слова «киш» (половина) или от диалектного прозвища. Но ни одна из этих гипотез не имеет надёжного подтверждения. Топонимическая версия остаётся основной, поскольку она опирается на реально существующие географические названия и объясняет форму фамилии без натяжек.