Фамилия Кишоян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян. В армянской ономастике этот суффикс, восходящий к древнему -янц, означает «принадлежащий к роду» или «потомок». То есть Кишоян — это «из рода Кишо». Основа фамилии — личное имя или прозвище Кишо.

Само имя Кишо — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от полного армянского имени, например, от Киракос (армянский вариант имени Кириак, означающего «господний», «принадлежащий Господу») или от Григор (через форму Гришо). В армянском языке распространено стяжение и смягчение имён в бытовом общении: Григор → Гришо, Киракос → Кишо. Подобные переходы типичны для многих армянских фамилий, где корень усекается, а суффикс -ян добавляется к уже сокращённой форме.

Географически фамилия Кишоян распространена в основном среди армян, чьи предки жили в Западной Армении (исторические области на востоке современной Турции) или в регионах, куда армяне переселялись после геноцида 1915 года. В современной России и странах бывшего СССР носители фамилии встречаются в армянских диаспорах, но фамилия не входит в число самых массовых — это скорее редкая, локальная ветвь.

Если попытаться реконструировать социальный портрет, то предок-родоначальник, носивший имя Кишо, мог быть простым крестьянином или ремесленником. В армянской среде фамилии на -ян не имели сословной окраски, их носили и князья, и земледельцы, поэтому по суффиксу определить социальный статус невозможно. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Кишоян указывает на армянское происхождение и на то, что предка звали Кишо — скорее всего, ласково, в кругу семьи или общины.