Фамилия Кишея — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Основа здесь — слово «кишея» или «киша», которое в южнорусских и украинских говорах означало «кишка» или «внутренности». Чаще всего так называли худого, тощего человека — «кожа да кости», то есть одна кишка осталась. Реже прозвище могло указывать на профессию: мясника или торговца требухой, который имел дело с кишками животных.

По словообразовательной модели фамилия Кишея относится к так называемым «прозвищным» фамилиям, которые закрепились в документах без дополнительных формантов. В украинской и белорусской традиции такие фамилии на -а, -я (Кишея, Голота, Лобода) особенно распространены. В русском контексте она могла возникнуть на южных территориях, в казачьей среде или в пограничных с Украиной областях.

Версия о происхождении от тюркского слова (например, от «киши» — человек) выглядит неправдоподобно: слишком далека фонетика, и нет следов такого заимствования в русских говорах в значении прозвища. Основная версия — славянская, от «кишка».

Сословной привязки у фамилии нет: прозвище Кишея могли дать и крестьянину, и казаку, и мещанину. Главное — внешность или занятие предка. Фамилия осталась редкой, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, она не вышла за пределы одного-двух регионов.