Фамилия Киськова — женская форма фамилии Киськов, которая образована от прозвища или имени Кисько. В основе лежит слово «кись» — в русских говорах так называли кислое молоко, простоквашу, а также кислый квас. Человек с прозвищем Кисько мог быть любителем кисломолочных продуктов, либо иметь кисловатый, недовольный характер. В украинском и белорусском языках «кись» — это ещё и кошка (от подзывания «кис-кис»), так что прозвище могло относиться к человеку с кошачьими повадками или к тому, кто держал много кошек.

Суффикс -к- в основе (Кисько) — типичный для украинских и южнорусских прозвищ уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный. Окончание -ов указывает на принадлежность: Киськов — сын Киська. Такая модель характерна для восточнославянских фамилий, особенно в южных и центральных регионах России, а также на Украине. Географически фамилия встречается в Воронежской, Курской, Белгородской областях, реже — в центральной России.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с церковным именем Кис (от греческого «киссос» — плющ), но это имя крайне редкое, и фамилия от него практически не фиксируется. Поэтому бытовое прозвище остаётся основным объяснением.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных фамилий на -ов. В дореволюционных переписях Киськовы чаще всего числились однодворцами или государственными крестьянами южных губерний. Сейчас фамилия нечастотная, но сохраняется в тех же регионах, а также в среде потомков переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток.