Фамилия Кистилинцы — одна из тех, что ставит в тупик при первом взгляде. Она звучит как форма множественного числа или родительного падежа, что сразу наводит на мысль: перед нами не стандартная «великорусская» фамилия на -ов или -ин, а скорее украинская или польская модель. В русской ономастике фамилии на -инцы, -енцы, -овцы обычно указывают на выходцев из определённого села: если человек был «кистилинец», значит, он родом из места, которое называлось Кистили (или Кистилы). Суффикс -ец в таких прозвищах обозначал принадлежность к группе жителей, а окончание -ы закрепилось уже как фамильная форма.

Корень «кистил-» тёмный. В нём слышится что-то среднее между «кисть» (рука, гроздь, малярная кисть) и «кистень» (старинное холодное оружие). Наиболее вероятная версия — прозвище по ремеслу. Если предок был маляром или иконописцем, его могли прозвать Кистила — «тот, кто работает кистью». Суффикс -ила в русских прозвищах часто давал именам оттенок деятеля: водила, зубила, ломила. Позже от прозвища Кистила образовалось название села Кистили (жители — кистилинцы), а от топонима уже возникла фамилия. Менее правдоподобно, но возможно, что в основе лежит диалектное слово «кистель» — так в некоторых говорах называли кислый кисель или мучную болтушку, то есть прозвище могло относиться к любителю такой еды.

Географически фамилия редкая. Поиск по базам данных показывает, что Кистилинцы встречаются в основном на западе Украины и в приграничных с Беларусью районах. Это косвенно подтверждает западнорусское или украинское происхождение: именно там фамилии с окончанием -цы (Пинчуки, Лисянцы) типичны. Если бы фамилия была русской, она скорее приобрела бы вид Кистилин или Кистилины. Таким образом, предки носителя фамилии Кистилинцы почти наверняка происходили из одного конкретного села Кистили (или Кистилов) на территории современной Украины или Польши, и фамилия закрепилась за ними как указание на место выхода — «мы те самые кистилинцы».