Фамилия Кистин образована от прозвища Киста. Его происхождение неоднозначно, и здесь возможны два основных пути. Первый — русский, диалектный. Прозвище могли дать от глагола «кистать» (что значит болтать, пустословить, а в некоторых говорах — пачкать, марать). В таком случае прозвище Киста носило ироничный оттенок: так могли назвать болтуна или, наоборот, неаккуратного, небрежного человека. Второй корень — финно-угорский, мордовский. В мокшанском языке есть слово «киста» — дорога. Прозвище могли дать человеку, жившему у дороги или часто странствовавшему. Какая версия вернее, сказать трудно: обе имеют право на жизнь, и фамилия могла возникнуть в разных местах независимо.

Сама фамилия образована по простой и распространенной модели: к основе Кист- добавлен суффикс принадлежности -ин. Такой суффикс в русских фамилиях указывает на прямую связь с предком: «чей?» — Кистин, то есть сын, потомок или человек из семьи Кисты. Эта модель типична для центральных и северных регионов России, а также Поволжья, где как раз могло произойти смешение с мордовскими прозвищами.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и посадские люди, и служилые. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одного или нескольких очагов в районах контакта русского и мордовского населения.