Фамилия Кистрин, скорее всего, ведет начало от прозвища Кистря. Его связывают с украинским словом «кістриця» — так называют внутреннюю твердую часть стеблей конопли или льна, которая при обработке рассыпается на мелкие колючие щепки. В переносном смысле такое прозвище могли дать человеку с колючим, неуживчивым характером или, наоборот, тому, кто занимался обработкой этих растений — трепал лен или коноплю. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Кистри» или «из семьи Кистри».

Есть и вторая версия, топонимическая. Она возводит фамилию к названию крепости Кюстрин (историческое написание — Кистрин) в Пруссии. Эта крепость была захвачена русскими войсками в 1758 году, во время Семилетней войны. Если придерживаться этой гипотезы, фамилия могла закрепиться за выходцем из тех мест или за солдатом, участвовавшим в кампании. Однако эта версия менее вероятна: массовые фамилии у крестьян и солдат в России начали формироваться позже, к концу XVIII — XIX веку, а единичные случаи привязки к топониму вряд ли породили бы устойчивую фамилию.

Таким образом, рабочая версия — прозвище по роду занятий или черте характера, связанное с обработкой льна и конопли. Фамилия редкая, в старых справочниках почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании.