Фамилия Кистрин образована от личного прозвища, и её разбор показывает, как в одном слове могут переплестись разные культурные пласты. Основная версия связывает прозвище Кистря с украинским словом «кiстриця» — так называли жёсткую сердцевину стеблей конопли или льна, которая при обработке растений рассыпается на колючие щепки. Человек с таким прозвищем мог заниматься трепанием или чесанием льна — занятием, которое оставляет после себя как раз эту самую «кострицу». Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Кистрин, то есть потомок Кистри.

Есть и другая, более редкая версия, которую стоит упомянуть: фамилия могла закрепиться за человеком по месту жительства. В этом случае в основе лежит топоним Кистрин (в немецком варианте — Кюстрин), крепость в Пруссии, которую русские войска взяли в 1758 году, во время Семилетней войны. Если предок носителя фамилии был родом оттуда или получил прозвище по этому географическому названию, фамилия могла возникнуть как «Кистрин» — указание на выходца из Кюстрина. Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, особенно учитывая, что после тех событий в русском языке могло закрепиться название крепости в форме «Кистрин».

Фамилия встречается в нескольких регионах, но особенно заметна в южнорусских и украинских областях, что косвенно подтверждает первую, «ремесленную» версию: обработка льна и конопли была традиционным занятием именно в этих краях. В написании фамилии возможны варианты через «ы» (Кистрыны) или с одним «н» (Кистрин), но форма «Кистрин» — самая устойчивая. О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был длительным, и такие прозвища могли закрепиться в разное время в разных семьях.