Фамилия Кистрина — одна из тех, что на первый взгляд кажутся простыми, но при ближайшем рассмотрении ставят перед исследователем загадку. В основе её лежит не очевидное имя или ремесло, а скорее всего, прозвище, связанное с диалектным словом. Суффикс -ин указывает на классическую русскую модель образования от существительных или прозвищ мужского рода, оканчивающихся на -а/-я: Кистря — Кистрин — «чей?» — сын или потомок Кистри.

Ключ к разгадке — слово «кистря». В русских говорах, особенно северных и вологодских, «кистря» означало человека с длинными, распущенными волосами, лохматого, неопрятного. Слово родственно «кисть» (в значении «пучок ниток, волос») и «кисточка». Таким образом, родоначальника Кистриных могли прозвать за его причёску: либо за длинные космы, либо за то, что он постоянно поправлял волосы, перевязывал их в кисть. Прозвище бытовое, необидное, но очень наглядное.

Вторая, менее вероятная версия, отсылает к географическому названию. Существует река Кистря в Костромской области, а также несколько небольших деревень с похожими названиями (Кистрово, Кистрино). В таком случае фамилия могла образоваться от прозвища переселенца, который пришёл «с Кистры». Однако эта версия слабее: топонимические фамилии чаще образуются с помощью суффикса -ский (Кистринский), а форма Кистрин — типично «прозвищная».

Фамилия редкая, но не уникальная. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской. Носители фамилии Кистрина — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище по внешнему признаку. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с XIX века, но как наследственная она сложилась, вероятно, в XVII–XVIII веках.

Стоит отметить, что ударение в фамилии плавающее: в разных семьях говорят и Кистрина́, и Ки́стрина. Первый вариант (с ударением на последний слог) более характерен для северных говоров, где интонация часто смещается к окончанию.