Фамилия Киторога — одна из тех редких русских фамилий, которые ставят исследователя в тупик с первого взгляда. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, указывающих на принадлежность отцу или поместью. Вместо этого мы видим конструкцию, которая выглядит как застывшая фраза или прозвище в именительном падеже. Это наводит на мысль, что перед нами так называемая «семейная» или «архаичная» форма, не прошедшая стандартную процедуру оформления в русском языке.

Наиболее вероятная версия происхождения — от прозвища Киторога. В русских говорах слово «кит» не всегда означало морское животное. В диалектах, особенно северных и сибирских, «кит» могло обозначать нечто огромное, неповоротливое, или же быть искажением от «кита» — в значении «связка», «жгут» (сравните с «кита» в строительстве, где это прут для связки). Вторая часть — «рога» — очевидно, отсылает к животному с рогами. Таким образом, Киторога могло быть прозвищем человека, которого дразнили за большую силу и упрямство, либо за необычную внешность — например, за торчащие в стороны волосы или усы, которые сравнивали с рогами.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В них есть корни «кит» (в значении «говорить», «звать») и «рог» (в значении «идти», «путь»), но такая комбинация дала бы скорее имя-пожелание, а не прозвище. Однако для русской ономастики это слишком сложное построение, и версия с чисто русским диалектным прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье. Это указывает на то, что родоначальник был, скорее всего, крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище в быту, которое затем закрепилось за его потомками без изменений. В отличие от дворянских фамилий, которые часто образовывались от названий поместий, Киторога — это прозвище-характеристика, «говорящая» фамилия, которая рассказывает о внешности или нраве предка больше, чем любая запись в метрической книге.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение. Вероятнее всего, оно падает на второй слог: Кито́рога. Если бы ударение было на последний слог (Киторога́), это звучало бы как форма родительного падежа, что маловероятно для фамилии в именительном падеже. Таким образом, Киторога — это не «рога кита», а «тот, кто похож на кита с рогами» или «кит с рогами» как цельное прозвище.