Фамилия Кицененко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, самый популярный в украинской антропонимии (по подсчётам Б. Унбегауна, его носит до четверти всех украинских фамилий), изначально означал «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. То есть Кицененко — это «сын Кицена» или «потомок Кицена».

Сложность в том, что имя или прозвище Кицен само по себе неочевидно. Его основа — Киц- — может восходить к украинскому слову «киця» (кошка, котёнок, ласковое обращение к кошке). В таком случае прозвище Кицен мог получить человек с мягким, ласковым нравом, либо тот, кто был похож на кошку повадками или внешностью. Встречается и другая версия: связь с диалектным «киця» в значении «плеть», «кнут» — тогда прозвище могло принадлежать пастуху или человеку, который часто пользовался кнутом.

Менее вероятно, но возможно, что корень связан с именем Кица — уменьшительной формой от редкого канонического имени Никита (через форму Микита → Кица). Однако эта цепочка менее убедительна, так как в украинской среде для Никиты типичнее суффиксы -енко (Никитенко, Микитенко).

Географически фамилия Кицененко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — классическому ареалу фамилий на -енко. Встречается она редко, что говорит о локальном характере прозвища-основы: оно не было массовым именем, а закрепилось за одним родом. По сословному происхождению, скорее всего, это фамилия крестьянская или казацкая — в среде духовенства и дворянства преобладали модели на -ский/-цкий.

Таким образом, Кицененко — это фамилия, прямо указывающая на прозвище предка, которое, по всей видимости, было связано с кошкой или, реже, с кнутом, и закрепившаяся в украинской традиции именования по отцу.