Фамилия Кицен — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов или -ин, суффикс -ец (в форме -ен) сразу указывает на иную модель образования. Чаще всего такие фамилии либо указывали на географическое происхождение («откуда родом»), либо возникали как усечённая форма от полного имени или прозвища.

Если принять версию с суффиксом принадлежности, то основа «Киц-» могла быть производной от имени или прозвища. Самое прямое объяснение — от диалектного слова «кица» или «киця». В южнорусских и украинских говорах так ласково называли кошку. В этом случае прозвище Кица могли дать человеку за мягкий, ласковый нрав, грациозность или, наоборот, в насмешку — за привычку «мурлыкать» и тереться возле людей. Позже от прозвища образовалась фамилия Кицен, где суффикс -ен выполняет ту же роль, что и -ин: «чей?» — сын Кицы.

Есть и более прозаичная версия. В польском и западноукраинском языках «киц» (kic) — это заяц. Прозвище Киц могли дать быстрому, пугливому или длинноухому человеку. Фамилия Кицен тогда означает «сын Кица» и органично вписывается в ряд восточнославянских фамилий от названий животных: Волков, Зайцев, Лисов.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи. Встречается на Украине, в Беларуси и в южных регионах России, что косвенно подтверждает связь с украинским или польским языковым влиянием. Сословная принадлежность предков не прослеживается: Кицены могли быть как крестьянами, так и мещанами, дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных справочниках не зафиксировано.

Двойственность корня — кошка или заяц — не делает фамилию загадочной. Оба варианта укладываются в логику прозвищ, которые давали по внешности или характеру. Более правдоподобной выглядит версия с «кицей» (кошкой), так как она шире представлена в разговорной речи и фольклоре.